総合診療科は、「臓器別専門という視点だけでは解決できないさまざまな身体的問題や心理社会的問題を抱えた方」に対応しており、主に院内の総合内科、プライマリケア部門を担っています。具体的には、肺炎や心不全などのよくある病気の診療から、救急医療、問題点が複数あるいは不明確な方への対応、よろず相談的な窓口としての機能などです。

さまざまな外科疾患（下肢静脈瘤・ソケイヘルニア・肛門疾患・小児泌尿器疾患・お子さんの便秘）を扱っています。
本院では、日帰り手術センターを利用して、下肢静脈瘤・鼠径ヘルニア・肛門疾患などの全身麻酔を必要としない疾患の手術を行います。多くの疾患は、1泊2日か日帰りの入院で行い、入院期間の短縮に努めますので、仕事を持って休みにくい方や、お子さんや介護が必要な方がいて長期間の休みを取りにくい方にも利用していただけると考えています。

佐久総合病院本院泌尿器科は、佐久医療センター泌尿器科で行なわれる集学的ながん診療以外の、泌尿器科全般の診断治療にあたります。泌尿器科早期癌の診断治療、排尿障害（前立腺肥大症、尿失禁など）、女性泌尿器科領域（腹圧性尿失禁、骨盤臓器脱）、泌尿器科がんの緩和療法（終末期がん治療）などにつきましては、本院に受診していただき、佐久医療センターでの診療が適切と考えれる患者様を的確に診断していきます。特に骨盤臓器脱に関しては、骨盤臓器脱、尿失禁専門外来を設けて、泌尿器科専門医を持つ女性医師が対応に当たり、できるだけ羞恥心の和らげるような診療体制をとるように心がけております。

皮膚疾患には、湿疹・皮膚炎、蕁麻疹、循環障害、膠原病による皮疹、薬疹、水疱症、遺伝性角化異常症、炎症性角化症、ウイルス・細菌・真菌感染症、動物寄生症、皮膚良性・悪性腫瘍など多岐におよぶ疾患があります。当院ではこれらの疾患の診断、検査、治療、予防法について幅広く対応しております。
 

白内障、緑内障、糖尿病網膜症や網膜血管閉塞性疾患、網膜剥離などの疾患を主に診療しております。

本院の形成外科外来では、形成外科一般の診療を行っております。熱傷、顔面・手・足の外傷（主に外用薬や被覆材で治療ができる軽症のもの・重症と思われるものはできるだけ、医療センターにご紹介してもらってください。）良性腫瘍、肥厚性瘢痕・瘢痕拘縮・ケロイド眼瞼下垂・顔面神経麻痺、陥入爪・巻き爪などです。